Par la suite Anne et Jean de la Croix iront fonder un autre carmel à Madrid en juillet 1586. La « grande capitaine des prieures », comme on la surnomme, va donc donner le meilleur d'elle-même dans l'esprit et le style de sainte Thérèse. Sa réputation est celle d'une personnalité très forte, douée d'une intelligence hors du commun, d'un discernement sûr et d'un accueil plein de charité.
Anne est une femme entretenant de chaleureuses relations interpersonnelles, mais elle ne transige pas, même avec l'autorité, quand il s'agit de la fidélité au charisme thérésien. Car le problème de fond qu'elle rencontre en Espagne, en France et en Flandres, après la mort de la Madre, est celui d'un certain relâchement dans la fidélité à l'idéal thérésien, tant dans ses principes que dans sa mise en ouvre. Anne de Jésus choisit la fidélité inconditionnelle à l'ouvre de Thérèse et se fait le défenseur de cet héritage au prix de beaucoup de luttes, de souffrances et d'humiliations.